Rumah Sakit Banyumanik pada mulanya berdiri pada tahun 1989 dengan nama Rumah Sakit Prof. DR. Hars Danubroto, sesuai dengan nama pendiri sekaligus pemiliknya, yaitu Prof. DR. Hars Danubroto. Pada saat itu, izin operasional Rumah Sakit Prof. DR. Hars Danubroto masih bersifat sementara dari Departemen Kesehatan.
Setelah beberapa tahun berjalan, Rumah Sakit Prof. DR. Hars Danubroto mengalami peningkatan dalam melayani pasien. Seiring berjalannya waktu, pada tahun 1998, bertepatan dengan HUT ke-10 rumah sakit ini, nama Rumah Sakit Prof. DR. Hars Danubroto diganti menjadi Rumah Sakit Banyumanik. Perubahan nama ini didasarkan pada Keputusan Menteri Kesehatan yang menyatakan bahwa nama seseorang yang masih hidup tidak dapat digunakan sebagai nama institusi, serta pertimbangan bahwa rumah sakit ini terletak di daerah Banyumanik.
Pada tahun 1999, izin operasional Rumah Sakit Banyumanik resmi dikeluarkan oleh Departemen Kesehatan, sehingga keberadaan Rumah Sakit Banyumanik diakui untuk melayani masyarakat dalam bidang kesehatan. Rumah Sakit Banyumanik merupakan rumah sakit swasta yang berada di bawah naungan yayasan. Sebelum tahun 1989, rumah sakit ini berada di bawah naungan Yayasan Romo Ibu. Pada tahun 2000, rumah sakit ini dialihkan ke bawah naungan Yayasan Nurul Aini, dan mulai tahun 2001 hingga saat ini, rumah sakit ini berada di bawah naungan Yayasan Al Manshurin.
Rumah Sakit Banyumanik berlokasi di daerah Banyumanik, dengan alamat yang tetap hingga kini, yaitu di Jl. Bina Remaja No. 61 Semarang. Alasan pemilihan lokasi ini adalah karena mudah dijangkau dengan sarana transportasi yang ada, berada di pusat kota Banyumanik, dan dekat dengan perumahan-perumahan.
